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编号:13168684
COI基因的龟甲及其混伪品的DNA条形码研究> 基于COI基因的龟甲及其混伪品的DNA条形码(2)
http://www.100md.com 2013年4月1日 《中国中药杂志》 2013年第7期
     2.4 测序 PCR产物委托上海生工、博迈德生物进行测序,利用DNASTAR和测序峰图结果分析软件Chromas 2.1对测序结果进行序列拼接,最后得到乌龟线粒体基因组序列。

    3 数据处理

    收集到的样品经过测序,峰图利用Contig Express,Dnaman,Dnastar等软件拼接并辅以手工校正,去除引物区,获得长度为651~706 bp的样品序列。然后在NCBI 中用BLAST 相似性搜索,确保得到的COI序列是本研究的目的序列。最后将所有序列用软件Molecular Evolutionary Genetics Analysis(MEGA) 5.0 比对并进行特异位点、种间变异等分析,并构建NJ( 邻接) 系统聚类树,同时利用Bootstrap (1 000次重复) 检验各分支的支持率。

    4 结果与分析

    4.1 COI序列长度及序列差异 研究所用的22个活体样品的COI片段序列的长度范围为651~706 bp ......
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